It’s Alive – 2.01 (diffusé le 30.09.07)
Cela fait plus d'un mois que Dexter a tué son frère et personne d'autre depuis. Suivit en permanence par Doakes, il passe ses soirées à jouer au bowling, tandis que Debra vit chez lui et évacue son stress dans le sport. La première enquête de celle-ci, lors de son retour au commissariat, désigne un gangster appelé Little Chino, que la police a du mal à épingler. Dexter réussit à éviter Doakes un soir et trouve sa prochaine victime, mais la mort de Brian continue de le hanter et l'empêche de commettre l'acte jusqu'au bout, ce qui le perturbe d'autant plus. Pendant ce temps, Rita refuse d'aider Paul à sortir de prison en accusant Dexter de l'avoir piégé, bien qu'elle détienne selon lui une preuve.

Waiting to Exhale – 2.02 (diffusé le 07.10.07)
Dexter est plus déterminé que jamais à tuer Little Chino. Il perd de plus en plus ses moyens, énervé par la présence permanente de Debra chez lui et à qui il essaie de trouver un appartement, et troublé par l'attitude de deuil de Rita face à la mort de Paul. Le fait que la police ait retrouvé toutes ses victimes au fond de l'eau ne fait qu'aggraver sa situation, puisque le FBI est désormais sur sa piste, le surnommant the Bay Harbor Butcher. Debra a également les nerfs à vif, encore traumatisée par Rudy, et son comportement se fait violent.

An Inconvenient Lie – 2.03 (diffusé le 14.10.07)
Parce qu'il n'a pas trouvé de meilleur mensonge que de prétendre être un drogué pour expliquer le coup monté contre Paul, Dexter se voit contraint par Rita d'assister à des réunions pour les gens dépendants, c'est alors qu'il fait la rencontre d'une femme appelée Lila. Parallèlement, il s'est choisit comme proie un vendeur de voitures d'occasion qui viole et tue des jeunes femmes. Du côté de la police, l'agent Lundy recrute Debra à son équipe sur l'affaire BHB  afin d'identifier les victimes et de trouver un point commun entre elles. Plusieurs personnes connaissant quelqu'un de disparu apportent leur témoignage, que Debra a du mal à supporter. Elle demande à être déchargée de l'affaire. Quant à Laguerta, elle se voit offrir la possibilité de retrouver son ancien poste lorsque le lieutenant Pascal perd la raison.

See-Through – 2.04 (diffusé le 21.10.07)
Dexter apprend à mieux connaître Lila, son sponsor, mais songe à ne plus la voir lorsque celle-ci pose des questions personnelles auxquelles il n'arrive pas à répondre. Il ressent pourtant le besoin de se confier à elle lorsque l'angoisse l'envahit au travail. Masuoka affirme avoir trouvé des éléments pouvant retrouver la trace du Boucher de la Baie d'Harbor, mais n'étant pas lui-même sur l'enquête, Dexter a du mal à en savoir plus. Debra fait également avancer l'enquête en comprenant le point commun entre les victimes, dont certaines restent à vérifier par toute l'équipe. Elle suit également les conseils de Lundy et décide de revoir un homme rencontré dans sa salle de sport, afin de reprendre une vie sociale. Rita, de son côté, voit sa mère Gayle lui rendre visite après de nombreuses années sans l'avoir vue. Celle-ci se méfie immédiatement de Dexter et aide à sa façon Cody à ne plus faire des cauchemars sur le Boucher.

The Dark Defender – 2.05 (diffusé le 28.10.07)
Dexter enquête sur la mort des nombreux admirateurs du Boucher de la Baie d'Harbor, qui a inventé une bande dessinée le décrivant comme un super-héros. C'est à ce moment que le souvenir des assassins de sa mère refait surface et, soutenu par Lila à affronter son passé, il décide de confronter l'un de ces hommes. Il en apprend ainsi plus sur Laura Moser et ses liens avec Harry Morgan. Partir quelques temps lui permet de ne pas faire face à Gayle, qui le rejette et voudrait le voir s'éloigner de sa fille. A mesure qu'elle se méfie de Gabriel, Debra se rapproche de l'agent Lundy, avec qui elle enquête sur les marinas dont les algues proviennent.

Dex, Lies, Videotape – 2.06 (diffusé le 04.11.07)
Alors qu'il essaie d'accéder aux cassettes de surveillance le compromettant, Dexter se voit de plus en plus sollicité par l'agent Lundy sur le cas d'un témoin affirmant avoir été attaqué par le Boucher. La situation rend Debra jalouse de ne plus être la personne vers laquelle Lundy se tourne. Gayle organise un dîner afin de rencontrer le sponsor de Dexter. La soirée se passe plutot bien, jusqu'à ce que Rita comprenne que son petit-ami lui ment sur plusieurs choses, en particulier la nuit qu'il a passée dans un motel avec Lila. Elle décide donc de rompre avec lui. Enfin, Dexter perd totalement son calme lorsque Doakes vient s'ajouter au tableau en fouillant dans son bureau, dorénavant au courant que son collègue n'a aucun problème de drogues.

That Night, A Forest Grew – 2.07 (diffusé le 11.11.07)
L'équipe de Lundy analyse une lettre du Boucher adressée à la police, que Dexter a envoyé afin de les rendre confus quant à sa personnalité. Déterminé à prendre sa situation en main, il se sert également d'un homicide afin de faire passer Doakes pour un homme instable et prêt à envoyer un homme innocent en prison. La tension entre eux deux atteint un point de non retour. Côté vie privée, sa relation avec Lila n'est pas vue d'un bon oeil de la part de Debra. Rita essaie de faire face à sa rupture comme elle peut, mais sa mère devient de plus en plus envahissante et Cody réclame l'aide de Dexter pour son exposé à l'école. Tandis que Debra adopte la façon de travailler relaxante de Lundy et lui avoue enfin ses sentiments.

Morning Comes – 2.08 (diffusé le 18.11.07)
Après l’incendie provoqué par Lila, Dexter comprend peu à peu l’état mental de Lila, celle ayant planifié la rencontre entre Dexter et le meutrier de sa mere. N’accusant pas le coup de la rupture, Lila vole les clés de chez Rita et s’introduit chez elle. Dexter, lui, est parvenu à assassiner le meurtrier de sa mère mais le laisse en l’état lorsque Rita lui demande de venir. Lundy et Debra quant eux, trouve une preuve qui justifierait le fait que le Boucher fait parti de la police de Miami.

Resistance is Futile – 2.09 (diffusé le 25.11.07)
Dexter rompt avec Lila mais comprend vite que celle ci est bien résolue à maintenir leur relation. La chasse du Boucher devient plus aigüe, ce qui rend Dexter encore plus nerveux. Tandis que la relation Debra/Lundi est établie au grand jour, celle de Dexter et Rita se re-concrétise peu à peu. N’ayant pas eu le temps d’achever son travail, Dexter retourne aux Everglades mais il est pris en flagrant délit par le sergent Doakes ; sa nature est enfin révélée.

There’s Something about Harry – 2.10 (diffusé le 02.12.07)
Lila séduit Batista afin de rendre jaloux Dexter. Ce dernier a réussi à enfermer le sergent Doakes mais ne sait pas vraiment ce qu’il compte faire de lui. Debra comprend que Lundy partira une fois l’enquête terminée, ce qui l’a fait descendre de son petit nuage. Enfermé, Doakes apprend quelques informations à Dexter sur son père adoptif. Véritablement ébranlé par ces révélations et encouragé par le persuasif Doakes, Dexter perd pied et compte finalement se rendre à la police.

Left Turn Ahead – 2.11 (diffusé le 09.12.07)
Lila affirme avoir été violée par Batista afin de se rapprocher du compatissant Dexter mais son plan est un échec. Pour se venger, elle vole le GPS de Dexter afin de le suivre à la trace. La police confirme ses suspicions à l’égard de Doakes mais le capitaine Laguerta tente tant bien que mal de décharger le sergent. Doakes réussit à s’échapper de la cabane mais il est capturé par deux dealers.

The British Invasion – 2.12 (diffusé le 16.12.07)
Décidée à harceler Dexter, Lila se sert de son GPS  et découvre les Everglades et le sergent Doakes enfermé. Elle comprend alors que Dexter est le Bay Harbor Butchor et qu’il a besoin d’elle ; elle met alors le feu à la cabane, juste avant que la police n’arrive. Doakes est retrouvé mort, il est finalement reconnu coupable des crimes du Boucher, l’enquête se termine. Lila menace Dexter et l’oblige à s’enfuir avec elle, Dexter décide de l’assassiner mais l’arrivée de Debra fait échouer le projet. Lila comprend alors les intentions de Dexter, elle l’enferme, lui et les enfants de Rita et met le feu chez elle.